Загадочная авария в туннелях под мостом Токио Бэй Аква-Лайн привлекает внимание аварийных служб мегаполиса. Шеф МЧС Японии собирает команду, чтобы выяснить причины инцидента и найти способы устранения возникшей угрозы. Вскоре становится ясно, что это лишь предвестие более масштабной катастрофы. Из глубин океана поднимается Годзилла, гигантское создание, способное на разрушения, о которых никто и не догадывался.
Ситуация накаляется, когда монстр начинает свой путь через город, оставляя за собой хаос и страх. Столкнувшись с надвигающейся угрозой, власти пытаются организовать защиту населения и найти способ остановить гиганта. Однако, чем больше они узнают о Годзилле, тем яснее становится, что его появление связано с экологическими катастрофами, вызванными человеческой деятельностью. В конце концов, вопрос не только в том, как остановить Годзиллу, но и в том, сможет ли человечество осознать свои ошибки, прежде чем будет слишком поздно.